南京林业大学学报(自然科学版)

作者：翟学昌,彭丽,颜海飞,朱柯帆,张淑燕,张彩云,鲁显楷

单位：1.江西环境工程职业学院,江西 赣州 341000,2.中国科学院华南植物园,广东省应用植物学重点实验室,广东 广州 510650,3.信丰县林木良种场,江西 赣州 341624,4.华南农业大学生命科学学院,广东 广州 510642,5.广东食品药品职业学院,广东 广州 510520

关键词：黑老虎,质体基因组,遗传多样性,SSR位点,系统发育

基金：江西省教育厅科学技术研究项目(171271)

【目的】发掘我国重要资源植物黑老虎(Kadsura coccinea)的叶绿体基因组高变异区域及SSR变异位点,为其遗传多样性及种质资源评估奠定基础。【方法】获取5个黑老虎个体的叶绿体基因组,通过基因注释,采用生物信息学方法开展核苷酸多态性、简单重复序列(simple sequarce repeat,SSR)分析,并以2个五味子属植物为外类群分析南五味子属的系统发育关系。【结果】黑老虎完整叶绿体基因组为典型的四分体环状结构,长度为145 413~145 903 bp。其中,大单拷贝区的长度范围为94 457~94 757 bp,小单拷贝区的长度为18 032~18 047 bp,重复区为16 431~16 552 bp。黑老虎叶绿体基因组编码125个基因,蛋白编码基因、tRNA基因、rRNA基因分别为82、35、8个;总G(鸟嘌呤)和C(胞嘧啶)的碱基数占总碱基数的比例(GC占比)为39.7%。采用滑动窗口法分析发现黑老虎叶绿体基因组上petN-psbM和trnS-GCU-trnG-UCC具有很高的核苷酸多态性(Pi > 0.03)。该物种叶绿体基因组上共有212个SSR位点,其中24个SSR位点在5个黑老虎个体间存在多态变异,具有应用前景。系统发育分析表明,此次研究中黑老虎个体聚成一支,与同属其他物种关系较远。【结论】本研究首次系统比较了多个黑老虎个体的叶绿体基因组,发掘出基因组内的高变异区域及变异SSR位点,为其遗传多样性及种质资源评估奠定了基础。

来源：2024年第6期

《南京林业大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

查看南京林业大学学报(自然科学版)杂志2024年第6期