南京林业大学学报(自然科学版)

作者：欧阳泽怡,李志辉,牟虹霖,姜小龙,程勇,吴际友

单位：1.中南林业科技大学林学院,湖南 长沙 410004,2.湖南省植物园,湖南 长沙 410116,3.湖南省林业科学院,湖南 长沙 410004

关键词：青冈,滇青冈,微卫星,简化基因组

基金：国家科技支撑计划(2012BAD21B03),湖南省自然科学基金青年基金项目(2021JJ41069),湖南省林业局林业科技攻关项目(XLK201706)

【目的】青冈(Quercus glauca)和滇青冈(Q. glaucoides)为珍贵树种,是东亚亚热带常绿阔叶林的重要建群种以及典型地理替代种,具有很高的生态和经济价值。开发其微卫星(simple sequence repeats,SSR)引物有助于分析其群体遗传格局及遗传多样性,为2种青冈林的管理和资源开发利用提供参考,也可为跨物种间的微卫星标记开发提供借鉴。【方法】分别基于3株青冈和3株滇青冈植株的简化基因组测序数据开发SSR引物。先后采用Stacks 2.0b软件process_radtags模型和SciRoKo 3.4软件对测序数据进行过滤和提取。利用Primer premier 6.0软件设计SSR引物。【结果】使用pyRAD 3.0.66软件对序列进行聚类,共鉴定出217个SSR位点,其中35%(76个)的SSR位点在青冈和滇青冈中均具有多态性。设计并筛选出28对SSR引物,分别在两个青冈群体和两个滇青冈群体(共48个个体)中进行巢式聚合酶链式反应(PCR)扩增。开发的28对SSR引物分布在青冈10条染色体上,SSR引物均在青冈和滇青冈个体中成功扩增,扩增率达到了90.7%。SSR分型分析结果表明,从遗传多样性方面看,所开发的28对引物中,共有176个等位基因;引物的等位基因数为3~13,平均为6.29个;期望杂合度为0.223~0.886,观察杂合度为 0.159~0.830。【结论】利用简化基因组数据可以快速、高效、经济地开发青冈和滇青冈通用微卫星引物,为后续2种青冈群体遗传学研究提供基础。也证明利用简化基因组测序数据,可开发近缘物种的通用微卫星引物。

来源：2024年第6期

《南京林业大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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